Сергей Кузнецов

Python-пакет не является Git-репозиторием, поэтому вы не сможете делать в него коммиты. И тот индекс, откуда вы скорее всего скачали пакет тоже не имеет никакого отношения к Git его репозиториям.

Или нужно устанавливать пакет через пип, а модернизировать и делать коммиты с помощью отдельного гит клона этого пакета?

Верно. Найдите исходный репозиторий пакета и отправляйте свои доработки в него, а потом попросите автора принять исправления и обновить пакет в индексе в котором он опубликован. Либо устанавливайте пакет напрямую из гита.

Наверное так
repo.delete_remote(remote)

Может быть так сработает?

with open('f.txt') as file:
    lines = file.read().splitlines()

for line in lines:
    print(line)
    with open(line.encode('utf-8'), 'w') as file:
        file.write('')

Тут мы явно указываем, что имя файла в кодировке UTF-8, а не в однобайтной кодировке OEM.