Git и не удаляет ваши локальные правки. Если вы что-то изменили в рабочем каталоге и не собираетесь это коммитить, то оно и останется в таком состоянии даже после pull. Чаще наоборот спрашивают — почему pull не обновляет такие файлы.
Но всё равно лучше создать отдельный dev-конфиг — так надежнее.
