Вы банально путаете файлы в репозитории и файлы в рабочем каталоге. Это две большие разницы. Файлы нормально скачиваются из одного репозитория в другой, но Pull никогда не убивает те файлы в рабочей директории, которые ещё не были закоммичены. И это хорошо на самом деле. Файлы останутся как есть, но вы будете видеть что они якобы изменены.
Как вы сами уже поняли в другом своём
вопросе эти "изменения" нужно откатить принудительно через
reset --hard 
