Сергей Кузнецов

Вопрос не в том, есть ли необходимость, а в том, в каких именно ситуациях следует использовать LFS.

Если вы часто изменяете бинарные файлы, тогда смысл есть. Потому что все старые версии файлов не будут каждый раз тянуться при клонировании, а так и останутся во внешнем хранилище. Поэтому ваше утверждение

передача файлов всё равно занимает одинаковое время

ошибочно. При клонировании будет передаваться значительно более компактный репозиторий, а значит и быстрее.
Другой вопрос, что извлечение файлов из репозитория в рабочий каталог (checkout) займет то же время если ваши двоичные файлы статичны.

Git посчитает чуть меньше SHA1-хэшей

Почему вы так решили. Хэши в любом случае считаются все.

Git и не удаляет ваши локальные правки. Если вы что-то изменили в рабочем каталоге и не собираетесь это коммитить, то оно и останется в таком состоянии даже после pull. Чаще наоборот спрашивают — почему pull не обновляет такие файлы.

Но всё равно лучше создать отдельный dev-конфиг — так надежнее.

Veeam Backup полностью удовлетворяет вашим условиям.
1) 2) Копируются только изменения. Первый полный бэкап можно и потерпеть (либо использовать переносной диск), дальше создаются синтетические полные копии быстро если надо.
3) Управление всеми копиями из единой админки
4) Поддерживаются репозитории на ReFS под Windows и XFS на Linux. Оба варианта поддерживают быстрое виртуальное клонирование секторов. У меня на одном архивном томе в 5ТБ помещается 18ТБ бэкапов. Каждый день инкрементный снапшот, один комп вообще каждые два часа сохраняю. Раз в неделю создаются полные копии на основе предыдущих инкрементов.
5) Сервер управления там только под Windows, но на Linux можно хранить репозиторий в XFS, что даёт так же дополнительную фичу неизменяемых бэкапов. Чтобы даже в случае компрометации сервера, вирус не смог бы удалить бэкапы.

Можно это сделать как-то не на серверной винде, в идеале на домашке?

На домашке RDP официально отключен и включается только сторонними инструментами, что является нарушением лицензии.

Tailscale — позволяет поднять туннели до любых устройств за шлюзом.
Множество компов в разных подсетях объединятся в одну виртуальную сеть.
Поддерживает macOS, Linux, Windows, Android, iOS. Используется движок WireGuard.
Быстрый и нетребовательный к ресурсам. Для личного использования бесплатно.
И что самое удобное, не требуется ничего пробрасывать на роутерах и работает с динамическими IP.

Бесплатный Issabel всё это умеет. Настраивается мышкой в веб-интерфейсе.
Если городской номер на аналоговой линии, то прикупить шлюз с FXO-портом. Если провайдер современный, то предоставляет доступ к номеру через SIP и шлюз не понадобится.
Если трубки аналоговые, то им понадобится шлюз с FXS-портами, но лучше сразу пользоваться IP-телефонами либо на обычные мобильники поставить SIP-клиент.