Добавление файла .gitignore не удаляет файл из репозитория. Оно лишь предотвращает автоматическое добавление файла в репозиторий при ближайшем индексировании (например через git add .), но даже игнор не запрещает нам начать отслеживать любой файл просто принудительно добавив его в индекс git add <file>
Однажды добавив файл в репозиторий, вы уже не сможете его оттуда удалить. Это если понимать под репозиторием всю его базу со всей историей.
Но файл можно удалить из текущего состояния ветки по умолчанию. Это то, что мы видим войдя на страницу проекта в гитхабе в списке файлов. И то, что находится в рабочей копии на компе.
Если файл мешает на локальной машине, то для локальной работы используйте другую ветку. Не ту, что показывается по умолчанию на гитхабе. И удалите файл в этой ветке.
Файл разумеется не исчезнет из истории локальной копии репозитория, но пропадёт из локальной рабочей копии файлов проекта и не будет мозолить глаза.
