Не стоит даже пытаться использовать Flask с pyrogram в одном скрипте. Если хочется из web-приложения ботов запускать, надо искать другие подходы. Вариантов масса: от простых, вроде запуска отдельных скриптов с кодом ботов чем-нибудь вроде Popen, до создания в Kubernetes деплоев с ботом внутри контейнера.
