Сергей Горностаев

ResultSet - это итератор, данные из него не удаляются, их в нём вообще нет. Грубо говоря, вызов next сдвигает курсор базы, который возвращает новую строку выборки. Обходной путь - сохранять результаты в список, если есть уверенность, что запрос не вернул больше данных, чем влезет в память.

Используйте пулы соединений.

Переменная preparedStat хранит подготовленный запрос, созданный вызовом метода prepareStatement, в неё нельзя передать другой запрос вызовом executeQuery.

JDBC - это стандарт доступа к базам данных, JPA - это стандарт персистентности, Hibernate - это реализующий его ORM, Spring Data - это механизм организации репозиториев, а репозиторий - это абстракция, лежащая на уровень выше ORM. То есть Spring Data использует Hibernate, а Hibernate использует JDBC.

Когда IDEA запускает вашу программу, она обеспечивает присутствие необходимых ей зависимостей в CLASSPATH. Когда её запускает сервер приложений, он этого не делает и программа падает, так как не может найти jar-файл jdbc-драйвера. Почитайте инструкцию к вашему серверу, выясните куда класть jar-файлы зависимостей.