Автоматизация бизнес-процессов - очень широкая прикладная область. И в отличии от готового решения "1С:Предприятие", Java - это язык общего назначения, на котором можно написать почти что угодно и как угодно. Поэтому простого ответа на ваш вопрос нет. Начните с изучения языка и знакомства с экосистемой.