Wuala все шифрует. Аналог dropbox/shugarsync — но работа там ведется через java компонент, который занимается шифрованием. Безопасность — фишка их сервиса.
Насчет авторизации по ЭЦП или каких то других механизмов по работе с подписью на сервисе не в курсе — но врятли.
