1 млн файлов это уже плохо.
а) вы сильно нагрузите файловую систему, если неправильно распределите их. Например, в один каталог укладывать более 4к файлов убивает производительность
б) Вы исчерпаете все inode и встанет вообще всё.
Храните их в какой-нибудь nosql или в той же любимой бд.
