Алексей

1) переход не одно и тоже, что посетитель. Возможно вы смотрите уникальные хосты, а на самом деле их меньше, чем 100
2) Разные счетчики ведут себя по разному, и по разному обрабатывают данные
3) Возможно запоздание данных в счетчиках
4) Возможны у вас стоят какие-то фильтры в счетчиках
5) Скликивания и роботов никто не отменял

Попробую предложить довольно узкие вопросы, с которыми сам сталкивался:
1) Возможность интеграции с платежными системами и курьерскими службами
2) Мультиязычность, мультивалютность
3) Есть ли встроенная база стран, регионов и городов. И каким образом она может сопоставляться с городами курьерских служб при интеграции? Знает ли внутренняя база айдишники городов сторонних служб доставки? Если нет - это рутинная ручная работа.
4) Про гибкость в плане темплейтов спрашивайте
5) Есть ли варианты у товаров (опции типа цвет, размер)
6) Есть ли складская система, остатки у товаров и их вариантов (для рубашки красного цвета XL размера можно ли задать свой остаток)
7) Есть ли настройка налогов, комиссий и прочего
8) Есть ли микроразметка, метатеги для соц сетей и т.д.
9) Реализованы ли характеристики/свойства товаров и участвуют ли они в фильтрации в категории
10) Стандарт типа подписок на рассылку, купить в 1 клик, поиск, личный кабинет, админка и прочее