Сергей Береснев

У меня такое впечатление, что это какой-то проксисервер этим занимается.

Возможно вот это: http://www.php.net/manual/en/phar.using.intro.php#100127

А, вообще, между консольным запуском и запуском через веб есть очень большая разница. Может быть разный набор прав, модулей, настроек и т.п.