Разница — хотите, чтобы ссылка индексировалась — используйте первый вариант.
Второй — для скрытия ссылки — вызов через JS.
Больше, как таковой, разницы нет. Ну разве что еще во втором варианте «всплывающее» окно будет маленькое (ширина \ высота у вас стоит) и без тулбара и статус бара.
Лучшего варианта здесь нет, выбирать нужно в зависимости от того, что Вы хотите получить.
