Как обеспечить лучшее взаимодействие исполняемого файла и БД веб-сайта?

что вы имеете ввиду под слоем, как он может быть реализован? вопрос у меня очень конкретный, общие формулировки мне не помогут, к сожалению.

Как обеспечить лучшее взаимодействие исполняемого файла и БД веб-сайта?

Хочу уточнить. Приложение для расчетов не взаимодействует ни с каким клиентом, только с базой данных. Что вы имеете ввиду под клиентом, не ясно.