Вам уже, скорее всего, не акутально, но для тех, кто задался похожим вопросом будет интересно посмотреть еще на движок Tamaranga DO. Скрипт хоть и недешёвый, но очень функциональный.
Отрисовываются ручками две версии иконки 16х16 и 32х32 (для ретины) и потом «склеиваются» в один .ico файл, например, этим сервисом xiconeditor.com/. А браузер уже сам подставляет нужную в зависимости от типа экрана.
