Вероятнее всего проблема возникла из-за нехватки оперативной памети на физической машине (вашем ПК). Во време запуска происходит резерв оперативной памяти для виртуальной машины, по умолчанию на шлюз и рабочую область приходися более 3 Гб оперативной памяти, из-за этого происходит краш вашей основной системы (так как видимо кол-во вашей оперативной памяти менее или равно 4 Гб). Оптимально будет отредактировать резерв оперативной памяти при создании виртуальной машины: для Whonix gateway не менее 750 Мб; для Whonix workstation не мнее 1500 Мб. Данные значения определены опытным путем, и подходят только для самых простых задач.