Уверены, что с портом PCi-E все в порядке? Логично предположить, если ваша и его карта рабочая и дело не в БП то проблема явно в материнке. Классические действия в виде сброса настроек биоса вы наверное производили? Также вариант достать все железки из корпуса и повторить все действия уже на открытом пространстве.
