Может вы производили запрос неправильно? У меня с последним Spring Boot работает:

@RestController
@RequestMapping("")
public class IndexController {
    @PostMapping("")
    public void index(@RequestParam List<Long> ids){
        System.out.println(ids);
    }
}

Запрос 1 ОК:

curl --request POST --url 'http://localhost:8080/?ids=11&ids=22&ids=33'

Запрос 2 ОК:

curl --request POST --url 'http://localhost:8080/?ids=11'