В своё время вот эта
книга для меня послужила (пару лет назад) неплохим введением в тему, рекомендую. Думаю в ней вы найдёте ответы на большинство вопросов.
Надо также учитывать, что все Agile методологии, требуют постоянного (и на мой взгляд большего) вовлечения заказчика в процесс, в сравнении с традиционными подходами. Например в месте где я сейчас работаю, при всей моей любви к User Stories, Scrum, я прекрасно понимаю что любые попытки внедрить их обречены на провал - т.к. заказчику это не нужно, не интересно, не когда. А насаждать Agile только ради того чтобы разработчики поигрались, не самая удачная идея. Разные фишки пытались внедрять, но всё шло прахом из-за низкой вовлечённости заказчика в процесс. Хотя отдельные, чисто технические Agile-фичи в разработке успешно используем: TDD, CI, рефакторинг, ну и многое из XP в разработке хорошо приживается, разработчики довольны. Платформа у нас кстати тоже php =)
При этом по прошлым проектам могу судить, что когда заказчик доступен на постоянной основе и заинтересован в процессе по настоящему работа по Scrum вполне может быть успешной. Так и пользовательские истории могут быть успешно использованы как универсальный инструмент для формирования бэклога.
В общем это я своими словами описал принцип "Заказчик всегда рядом".
Ещё один из основополагающих принципов ( в той же книге ему не мало внимания уделено, насколько я помню): интерфейсные решения должны приниматься как можно позже. Темы вёрстки и интерфейса и должна быть не раскрыта как можно дольше. Идите от функциональных требования к системе, а не от прототипов интерфейса! Я лично вообще считаю проектирование от гуя большим злом и признаком не высокой компетентности бизнес-аналитика, если проект посложнее сайта визитки — стоит смотреть в сторону DDD. У Фаулера, кажется, на эту же тему есть формулировка о хорошем программном дизайне (воспроизвожу по памяти, могу ошибаться как в точности, так и в источнике):
Представьте что в конце проекта обнаружилось что у программы должен быть не веб-интерфейс, как планировалось, а только командной строки, например, или мобильное приложение!
Если такое изменение можно принять, без изменений в ядре системы, значит архитектура годная.
