Тимофей

Братцы прошу прощения за беспокойство вот в таком варианте всё заработало:

Car ={
	make:'Lada',
	model:'Kalina',
	color:'blue',
	fuel:0,
	started:false,
	start:function(){
		if(Car.started===false && Car.fuel===0){
		div_msg.innerHTML="";
	 	div_msg.innerHTML="Бак пуст.Заправьте автомобиль";
		}
		if(Car.started===false && Car.fuel>0){
			Car.started=true;
			console.log('Car.started '+ Car.started);
	 		div_msg.innerHTML="";
	 		div_msg.innerHTML="Двигатель заведён.";
			Car.rate1000();
            
		}
	},
	addFuel:function(){
		if(Car.fuel<=0){
			Car.fuel=Car.fuel+10;
			n1.textContent=`${Math.floor(Car.fuel/1000)}`;
			dot.textContent=".";
			n2.textContent=`${Math.floor(Car.fuel%1000)}`;
			div_msg.innerHTML="";
			div_msg.innerHTML="Автомобиль заправлен на 0.1л.";
			console.log('Car.fuel=' + Car.fuel);
		}
	},
	rate1000: function(){
		rate=setInterval(()=>{
			Car.fuel--
			n1.textContent=`${Math.floor(Car.fuel/1000)}`;
			dot.textContent=".";
			n2.textContent=`${Math.floor(Car.fuel%1000)}`;
            if(Car.fuel===0){
                div_msg.innerHTML="";
                div_msg.innerHTML="Двигатель заглох";
                Car.started=false;
                clearInterval(rate);
                console.log('Car.started '+ Car.started);
            }
		}, 1000);
	},
};

я просто третий оператор с условием поместил в setInterval(), который является циклом и осуществляет проверку третьего условия, пока оно не отработает. То есть пока не закончится топливо в баке.