Как правильно создать структуру приложения на ReactJS + Laravel 5.3?

Выделить его отдельно, не смешивать. Это лучшая практика.

Как правильно создать структуру приложения на ReactJS + Laravel 5.3?

Да, так и есть, для небольших проектов, а в идеале нужно PHP код переносить в отдельный REST проект.