Все три рассматриваемых вами продукта — надстройки над общефункциональными цмс. Для небольшого магазина это конечно подойдет (лично я делал на modx, участвовал в допиливании этого самого shopkeeper в свое время). Но если магазин более-менее приличный, почему бы не использовать специализированные цмс? Самые известные — это Magento(shareware), osCommerce(free) и российский shareware продукт WebAsyst Shop-Script. Привожу платные варианты, т.к. они реально проверены временем и выбирать конкретную нужно по задачам