Александр

1) Можно использовать NSIS
2) https://stackoverflow.com/a/29769228 Добавление ключа в реестр через NSIS https://nsis.sourceforge.io/Reading_and_Writing_th...
3) Можно попробовать сделать как тут https://stackoverflow.com/a/60977397

Как парсить аргументы на Python - описано здесь https://docs.python.org/3/library/argparse.html

Fedora, Arch.
Берите первое, идеально.