Сергей

WinSCP лучшая программа.
А лучше поставить нормальную IDE и работать в ней

Для этого придумали ssh и rsync

Написать скрипт и повесить его на крон

Никак. Нет такой функции.
Используйте WinSCP

никак. он этого не умеет

SFTP попробуйте подключиться.
У меня тоже такое выдавало, были неправильный настройки сервера, фаервол блокировал порты из пассивного режима и порт 21

У каждого пользователя своя папка, в которой он хозяин. Посмотри как это организаванно в какой-нить панели типа ISP или VestaCP

Есть для этого дела Git

Нет бекапов, нет ничего. Попросите у хостера мб есть, ищите в облаке, Ищите бекап где-то только можете. Не найдете, пробуйте восстановить данные (хз в впс это канает или нет).
Больше вариков нет. в папке bitrix были же и шаблоны сайтов и весь код и вообще все сердце сайта

NetBeans - выкачиваешь нужные файлы для редактирования, редактируешь и он синхронизирует их

Врятли она имеет смысл.
У меня иногда получается нечаянно создать такую ссылку, мб эта тоже была по невнимательности создана.