У вас просто организационная проблема, нужно переделать архитектурный подход.
В глаза кидаются мелочи типа
В каждом сервисе подключен бутстрап конфиг, в котором подключены 4-5 конфигмапов дополнительно
А почему у вас несколько конфигмапов на одно приложение, а не один конфигмап?
При выдаче изменений версионных, в основном, требуется к примеру в 10-и конфигах сделать изменения
Почему из-за изменения версии, нужно делать изменения в конфигмапах, тоже неясно. Что-то себе придумали, и при масштабировании оно оказалось неудобным.
По итогу можно провтыкать изменить на каком-то окружении параметр, и всё..окружения уже не одинаково настроены.
Делать статические параметры, и в конфигмапы выносить исключительно environment-related опции.
По вашему вопросу никто не скажет решения. Это нужно сесть и переделать.
У меня свыше 100 компонентов, десяток енвайрнментов. Конфигмап один на неймспейс, секрета два на неймспейс, в принципе достаточно.