1. В настройках фтп сервера, если он запущен под рутом, может быть опция для смены владельца файлов.
2. В аплоад директорию можно установить SGID бит, тогда все новые файлы будут аплоадиться с правами владельца директории - то есть ставишь SGID на директорию и меняешь владельца на юзера, от имени которого ходишь по фтп.
3. В настройках ftp сервера или его процесса, устанавшиваешь umask на 0.