1. Excel - платный продукт, который есть не везде. SQLite - бесплатный движок, доступен под любой язык программирования, есть огромное количество бесплатных программ, которые могут с ним работать. Также можно на любой языке написать простенькую визуализацию данных из sqlite
2. Excel - электронная таблица. SQLite - база данных. Это разные продукты. По сути надо сравнивать SQLite и Access. Просто Excel достаточно мощная программа, в которой средства, чтобы справляться с рядом не слишком сложных задач, которые пора бы уже ложить в базу данных.
3. Для работы с SQLite нужно писать запросы, Excel более распространен и популярен - почти любой может в экселе посмотреть данные и что-то с ними сделать при помощи мышки.
А насчет конкретно вас - никто не скажет, ибо структура данных, требования к быстродействию и вообще - знаете только вы. Просто подучите SQL и освойте SQLite, чтобы решить надо оно вам или нет.