Saboteur

а почему не так:

scp $(find /var/www/www-root/data/www/site.ru/files/ -type f -mtime -6)  root@site2.ru:/tmp/

Это не команды winscp, это команды оболочки операционной системы.

Изучайте работу в командной строке линукс. Там тысячи команд на любой вкус.

linux shell

Напрямую гуишные программы обычно не заморачиваются с подобным, поэтому или напишите обертку, которая скопирует файл локально, отредактирует, и зальет его назад. Или редактируйте файл там.

P.S. FAR умеет.

На каждый сервер отдельно отправляете.
scp file user@server:/path