Saboteur

Выполните

GIT_SSH_COMMAND="ssh -vvv" git clone  git@ssh.dev.azure.com:v3/softwarelicense/Onboarding/Onboarding

Посмотрите на что ругается.
Точно нет проблемы с тем, чтобы найти ваш приватный ключ?

pthreads используете?
попробуйте закомментироваьт extension=php_pthreads.dll и запустить?

Юзер root с пустым паролем существует?
Может есть юзер root@127.0.0.1 (это разные юзера).

Проверьте правильность ввода логина и пароля, проверьте брэндмауер - можно выключить его для проверки - если связь появится, значит исключение не добавлено было.
Сервер запущен?