Saboteur

https://en.wikipedia.org/wiki/Chattr

Беда в том, что это сервер в одной игре, где нельзя присылать команды из другого окна допустим или терминала второго

Это какой-то бред.
Сервер по хорошему, должен запускаться в фоне, и логи выводить не в консоль, а писать их в файл.

Видимо вы умышленно запускаете сервер так, чтобы он продолжан писать логи вам в терминал. Зачем - непонятно.
Почитайте справку как правильно запускать процесс сервера.

ps -e --sort lstart -o pid=,cmd=,lstart=
можно отпарсить время старта процессов и поубивать.

Запоминать специально не нужно.
Нужно примерно помнить, что утилита может то или иное, в случае необходимости быстро полистать man, научиться пользоваться поиском в less/man

Часто используемые команды с опциями можно записать как алиасы в профайле.

Для вашей задачи будет достаточно символических ссылок.
делаются командой ln с опцией -s
man ln

chown: неверный пользователь: «user1001:1000»

Ну так вам пишет, что пользователя user1001 нет в системе.
какие юзера есть в /etc/passwd?

Может забыли самого пользователя создать?

Просто umount /tmp
папка /tmp у вас уже скорее всего есть.

P.S. А вообще, на будущее можно почитать про LVM, который позволяет править разделы и увеличивать место онлайн. А в случае некоторых файловых систем можно и уменьшать.

процесс должен отвечать на что-либо, либо писать логи.
Иначе вы не определите чем конкретно он занят.
bash скрипты ничего решить не могут, можно просто при помощи баш скриптов отправлять сигналы в процесс или смотреть его параметры, но это можно делать и другими способами. Просто баш скрипты обычно самые доступные для пользователя.
Можете пробовать смотреть что-то в /proc/, или через top
или посмотреть как именно работают те bash скрипты, про которые вы упоминаете.

По логике как раз и не должны фоновые процессы падать, если убит баш.
Об этом и говроит ваш & в конце строки: bash -c #CMD#&

Процессы могут завершаться, если им посылается конкретный сигнал. В группе процессов, сигнал посланный главному процессу также отправляется всем дочерним.
Но в вашем случае в связке: MAIN -> BASH -> CMD вы сами отвязываете дочерний процесс CMD от процесса BASH командой &
При этом MAIN все еще является лидером всей группы процессов, поэтому завершение MAIN влияет на все дочерние.

Если IP не меняется, то достаточно будет сохранить ключи хоста (/etc/ssh/ssh_host_*) и собственно ключи пользователей, под которыми идет ваша репликация.

uptime что говорит?

p.s. если процесс жрет слишком много CPU, хостер может его и рубануть автоматом.

По идее никак, белый IP в любом случае подключен на вашу хост-машину.
Вы можете делать port forwarding конкретных портов на определенную виртуалку.

У вас же в логе ошибка
vsftpd.service: Main process exited, code=exited, status=2/INVALIDARGUMENT

Где-то в опциях вкралась ошибка/опечатка.
Восстановите конфиг из бэкапа (вы же делаете бэкапы перед правкой?)
Либо поковыряйте конфиг, поищите там ошибку.

splunk

rsh server1 "rsh server2 cmd"

Вам не нужно восстанавливать. Вам нужно удалить тот слепок, который у вас сохранился со старого серверного ключа, и при подключении добавить новый.

То есть
ssh-keygen -R 107.161.31.21

и логинимся заново, добавляя новый слепок в список известных хостов.