git работает и в винде и в линукс, а изучить несколько команд в командной строке не проблема.
git init это не команда linux, это команда git, и работает одинаково и там и там. Разница может только в особенностях файловой системы (аттрибуты и права доступа), но вы все равно по ftp заливаете.
Не обязательно ставить сервер, можно просто работать в локальном репозитории, просто при ftp нужно будет не копировать папку .git
Официальная документация на официальном сайте git прекрасно описана чтобы сразу начать (есть даже на русском), или чтобы читать глубоко и полно.
