Saboteur

можно просто rsync запустить несколько раз

Разве в тотал коммандер нет шоткатов для фолдеров?
Или юзер меню, чтобы в нем настроить все что угодно?

Я топлю за ФАР, где я бы порешал для себя такие проблемы.
Например можно сделать себе папку в которую кидать ссылки на другие папки, и ссылки называть так, как вам это будет понятно. В ФАР можно было бы и макрос такой наваять.

Мне нужна книга или статья, в которой подробно разбираются файловые системы.

Целью является создание небольшого менеджера файлов.

Для файлового менеджера подробный разбор файловых систем не нужен, достаточно знать функции ОС для работы с файловой системой.

Детали файловой системы нужны, если вы хотите писать свой драйвер, свою системную утилиту для работы с диском напрямую (восстановление файлов, проверка/дефрагментация/etc)

Материалов - полно, просто гуглите. И учите английский либо юзайте переводчик. Для технических статей, его обычно достаточно, например
https://translate.google.com/translate?sl=en&tl=ru...

так по скриншоту винда русская, может у вас "администратор", а не "administrator"?

FAR Manager для тех, кто чаще работает с консолью.

Total или Double Commander для тех, кто никогда не планирует работать с консолью.

Но в любом случае, размер папки может отображаться несовсем верно, учитывая современные junction points, ссылки и компрессию.

Загружайте по scp.
FTP небезопасный способ - все данные открытым тектсом, все пароли открытым текстом.

Настройте ssh ключи и шлите файлы по scp или rsync

Файловый менеджер не бывает какой-то "современный". Наоборот, он бывает привычный и удобный.
Кому тотал, кому FAR, а что-то еще - они должны быть похожими либо на то либо другое.