Как переслать файл в папку root в ubuntu?

/path/to/file - буквально переводится как путь к файлу, имеется ввиду путь к Вашему файлу, который вы хотите скопировать.

Zabbix нет web-интерфейса у меня тоже?

А тайм зону меняли в php?

Почему возникает "You don't have permission to access / on this server"?

Я бы рекомендовал проверить права от "/media" до "/media/my_folder/3ABBCCD87BB08752/www/it.loc" на всякий случай на чтение и запись "для всех".

Почему возникает "You don't have permission to access / on this server"?

Проверьте права на родительские директории тоже на всякий случай.