Выполнил
/etc/init.d/mysql stop
chown -R mysql path
chmod -R 777 path
/etc/init.d/mysql restart
проблема осталась,
пробую создать таблицу с указанием пути из переменной datadir:
CREATE TABLE t1 (c1 INT PRIMARY KEY) DATA DIRECTORY = '/var/lib/mysql';
выходит ошибка:
#1210 - Неверные параметры для DATA DIRECTORY