Как получить от PHP-FPM код ошибки, отличный от 200, при PHP Fatal error?

Ну тогда так:

function fatalErrorHandler()
{
    $lastError = error_get_last();
    if (isset($lastError["type"]) && $lastError["type"]==E_ERROR) {
      // do something with the fatal error
    }
}
...
register_shutdown_function('fatalErrorHandler');