Согласен со всеми отписавшимися ребятами здесь. В качестве примера возьмите тот же Android: там тоже можно на XML верстку собирать, либо программно. По-умолчанию делают на XML, на Java только в необходимых случаях.
Я думаю, такой же подход очень даже применим к десктопным приложениям на JavaFX.
Ну и повторюсь: гораздо удобнее разделять логику и представление.