Поломав голову, посмотрев что выдает var_dump при разных конфигурациях.
Не нашел ничего лучше как в файле PHPExcel/Cell.php поменять немного кода:

Ищем public function setValueExplicit, в ней меняем

case PHPExcel_Cell_DataType::TYPE_NUMERIC:
$this->_value = (float)$pValue;

на

case PHPExcel_Cell_DataType::TYPE_NUMERIC:
$this->_value = (string)$pValue;

Но это только для моего случая и не является панацеей.