У меня mysql Ver 14.14 Distrib 5.5.35, for debian-linux-gnu (x86_64) using readline 6.2
оба запроса выполняются одинаково -- 0.0001 сек.
А пробовали менять порядок полей?
SELECT <b>_id</b>, subject FROM `notifications` WHERE `status` = 1;
Чисто теоретически не должно влиять, но может на виндовой платформе как то это влияет?
Еще интересно, изменится ли ваш результат, если добавить ключ на `status`:
KEY `status` (`status`) 
