Подобная проблема у меня возникала из-за путаницы с версиями python.
При работе через venv в виртуальном окружении устанавливался env/bin/pip -скрипт, в котором прописан #!/env/bin/python3.6 в то время как venv установил только env/lib/python3.5, потому что была проблема с версией python (нужна была 3.6, но по умолчанию использовалось 3.5).
Помогло:
- установить нужную мне версию python3 из ppa (3.6.13 например)
- переключить версию python3 с помощью update-alternatives на 3.6
- установка python3.6-venv, теперь venv будет ставить python3.6 в либы окружения
