Вопрос решен методом случайного тыка! Обязательно нужно добавить в filter: "admin,editor,moder,advertiser,groups,publics,events,hasAddress", то есть директивно указать, что нам нужны все возможные типы сообществ, тогда ВК отдаст все что есть. Эврика!
P.S. а вот что за странную 1000 сообществ он отдавал по умолчанию, я так и не понял, потому что там были и группы и паблики и встречи
