удаление фасетного индекса вручную и пересоздание, частично решило проблему, теперь товары выводятся
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::DeleteIndex($iblockId);
Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::markAsInvalid($iblockId);
но кол-во товаров результата фильтра все равно не работает... Показывает 0 товаров, но при клике показать, один товар выводится
к тому же он неправильно работает, если у цены есть копейки