Исходя из того что у вас Reads / Writes: 99% / 1%
Сначала надо заняться оптимизацией самих таблиц. Иногда бывает достаточно проиндексировать несколько ключевых полей в основных рабочих таблицах и "о чудо", нагрузка резко падает. Дальше можно смотреть в сторону нормализации/денормализации (зависит от особенностей доступа к инфе у самого сайта).
Query cache вещь хорошая, но с ним можно намаяться, если неугадать с объёмом памяти под кэш (query_cache_size) и задать слишком большой, так, что будет съедаться вся оперативная память, что в итоге будет приводить к падению сервера. С другой стороны, если задать слишком маленький, то нагрузка на ЦПУ будет большой. В общем надо задавать и мониторить ресурсы сервера.