в файле functions.php вашей темы это делается. Если тема нормальная и в ней правильно подключаются все стили и js скрипты, то в функции подключения стилей и js есть четвертый параметр, который как раз и отвечает за включение этих файлов либо в шапке сайта, либо в его подвале.
wp_enqueue_script( $handle, $src = false, $deps = array(), $ver = false, $in_footer = false )
По умолчанию WP все выводит в шапке, если вы поставите четвертый параметр в true, то wp подключит скрипт/скрипты в подвал
Обязательно проверяйте правильную работу сайта после всех изменений. Так как многие скрипты зависят от jquery, который wp по умолчанию выводит в шапке. Как перенести jquery в подвал или вообще его отключить уже много написано в сети.