Да, вы правы, лучше выносить шаблоны в отдельные файлы. Также можете ознакомиться с популярными шаблонизаторами, такими как twig, blade, smarty, и так далее. Даже если вы не станете ими пользоваться, посмотрите хотя-бы краткий обзор их возможностей и принципов работы - почерпнете идеи.
