Скажу сразу про три проблемы в запросах:
- сервер (он должен настраиватся отдельно, никто не встраивает их в IDE нормальные)
- система контроля версий (при более-менее серьезной работе вам понадобится все-таки sourcetree или github).
- кирилические пути (не сущетсвует ситуации когда это нужно)
Если все же хочется найти идеальный комбайн, то он есть: Coda, но к сожалению он только для Маков. Там и ftp и mysql и git и редактор отличный. Проекты хранятся красиво. Там все есть, что вам хотелось бы, но опять же кроме сервера, смиритесь, что вам придется разобраться с апачем и настроить себе конфиги.
А вообще приучайтесь любить отдельные инструменты. Они как правило лучше и намного чем "комбайны". Потом спасибо скажете :)