Почитайте про MVC. Хотя, тут много зависит от задачи, для некоторых небольших проектов я позволяю себе объединять логику и отображение, например, вверху блок <?php ?> с логикой, дальше html-код с выводом. Как по мне, то нужно руководствоваться здравым смыслом - если можно решить задачу одним файлом в 200 строк, то нет никакого смысла разбивать программу на адаптеры, контроллеры, шаблоны и т.п.
