Речь ведь о FileCache идет? Правильно?

Ну так надо просто в common/config/main.php указать для компонента cache

'cache' => [
            'class' => 'yii\caching\FileCache',
            'cachePath' => '@backend/runtime/cache'
        ],

Или еще куда. В любую папку вобщем. А иначе по умолчанию для компонента на фронте установится путь '@frontend/runtime/cache', а на бэке соответственно '@backend/....' и при вызовах с разных поддоменов компонент будет лезть по разным каталогам.