Какую программу выбрать для зеркального бекапа папок?

Можно попробовать rsync - но это ПО для постоянного мониторинга изменения и автоматической синхронизации.

Какую программу выбрать для зеркального бекапа папок?

Если просто нужна синхронизация данных с одного диска(ПК) на другой, то самым простым решением мне видится "Планировщик заданий" (Win) и cron (Linux)