Изменить шрифт/размер шрифта окна Project можно так: сначала поставить галочку (см. скрин) и выбрать здесь шрифт, размер. Это будет для всего PyCharm. Затем чтобы изменить шрифт/размер шрифта окна редактора зайдите в
Editor/Font и установите себе нужные параметры шрифта, этот шрифт и размер не будет затрагивать панель Project. (Можно ещё установить параметры для окна консоли).