resurtm

В докблоке со второй по пятую строчку у вас отсутствуют пробелы вначале. Т.е. должно быть:

/**
 * Моя функция
 * @param int $user_id ID-пользователя
 * @return bool 
 */

У вас:

/**
* Моя функция
* @param int $user_id ID-пользователя
* @return bool 
*/

Попробуйте.

Если имеется ввиду актуализация БД по мере разработки проекта на компьютерах разработчиков и на боевом сервере (насколько я понял из смутной формулировки вопроса), то делается через миграции + Ant/Phing/Maven сценарий.